| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_010473 | = 3200797 | NA (NA) | 33 (0.860) | 30/398 | 0.5 | 97.1% | pseudogene (2/2952 nt) | ECDH10B_RS15940 | SslE/AcfD family lipoprotein zinc metalloprotease |
| ? | NC_010473 | = 3632463 | 1 (0.030) | intergenic (‑112/‑116) | ompR/greB | two‑component system response regulator OmpR/transcription elongation factor GreB | |||||
AAGCCTTGTTCGGTGAGATAACGTTCCAGCAGCGCACGCAGGCGCATGTCGTCATCGACCACCAGAA‑‑‑TCTTGTAGTTCTCTTGCATTGTTTGTACTCCCAAAGGTTCGCAACAATTTGTAAGCGTGTATTCTTAAAAAA‑GCTCACGTTC‑‑GTCACCAGCTAAATCTGGTATGAA‑‑TTTCAGCCTAAATTGTTAC‑AAAGCATATT‑AAACAGCAGCTTAAGTATACAATTTATTCGGCGAAACATTATTGATTCTGTTGATATG‑ATCACGTTATACCCAATGTGCGCATTATCAAACAGAC‑AAAGGGAATCAACGAGATG‑AAAACGCCCCTGGTTACCC‑GGGAAGGGTATGAAAAACTCAAACAAGAGCTTAATTATCTCTGGCGTGAAGAACGCCCGGA > NC_010473/3632266‑3632661 | aaGCCTTGTTCGGTGAGATAACGTTCCAGCAGCGCACGCAGGCGCATGTCGTCATCGACCACCAAAATATTATTGTAGTTCTCTTGCATTGTTTGT‑CTCCCAAAGGTTGGCAACAATTTGTAAGCGTGTATTCTTAAAAAA‑GCTCACGTTC‑‑GTCACCAGCTAAATCTGGTATGAA‑‑TTTCAGCCTAAATTGTTAC‑AAAGCa > 1:30214S32/1‑200 (MQ=255) ccTTGTTCGGTGAGATAACGTTCCAGCAGCGCACGCAGGCGCATGTCGTCATCGACCACCAGAA‑‑‑TCTTGTAGTTCTCTTGCATTGTTTGTACTCCCAAAGGTTCGCAACA‑TTTGTAAGCGTGTATTCTTAAAAAA‑GCTCACGTTC‑‑GTCACCAGCTAAATCTGGTATGAA‑‑TTTCAGCCTAAATTGTTAC‑AAAGCActgaga < 1:9892S19‑M2/200‑7 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 48 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |