| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_010473 | 3211929 = | NA (NA) | 30 (0.790) | 27/396 | 0.7 | 93.8% | pseudogene (1/603 nt) | nupG | nucleoside permease NupG |
| ? | NC_010473 | 3632455 = | 2 (0.050) | intergenic (‑104/‑124) | ompR/greB | two‑component system response regulator OmpR/transcription elongation factor GreB | |||||
TTCGAACCTGGAAGCCTTGTTCGGTGAGATAACGTTCCAGCAGCGCACGCAGGCGCATGTCGTCATCGACCACCAGAA‑‑‑TCTTGTAGTTCTCTTGCATTGTTTGTACTCCCAAAGGTTCGCAACAATTTGTAAGCGTGTATTCTTAAAAAA‑GCTCACGTTC‑‑GTCACCAGCTAAATCTGGTATGAA‑‑TTTCAGCCTAAATTGTTAC‑AAAGCATATT‑AAACAGCAGCTTAAGTATACAATTTATTCGGCGAAACATTATTGATTCTGTTGATATG‑ATCACGTTATACCCAATGTGCGCATTATCAAACAGAC‑AAAGGGAATCAACGAGATG‑AAAACGCCCCTGGTTACCCGGGAAGGGTATGAAAAACTCAAACAAGAGCTTAATTATCTCTGGCGTGAAGA > NC_010473/3632255‑3632652 | ttCGAACCTGGAAAGCTTGTTCGGTGAGATAACGTTCCAGCAGCGCACGCAGGCGCATGTCGTCATCGACCACCAGAA‑‑‑TCTTGTAGTTCTCTTGCATTGTTTGTACTCCCAAAGGTTCGCAACAATTTGTAAGCGTGTATTCTTAAAAA‑‑GCTCACGTTC‑‑GTCACCAGCTAAATCTGGTATGAA‑‑TTTCAGCCTAAATTGtt < 1:17541S10/200‑1 (MQ=255) aaGCCTTGTTCGGTGAGATAACGTTCCAGCAGCGCACGCAGGCGCATGTCGTCATCGACCACCAAAATATTATTGTAGTTCTCTTGCATTGTTTGT‑CTCCCAAAGGTTGGCAACAATTTGTAAGCGTGTATTCTTAAAAAA‑GCTCACGTTC‑‑GTCACCAGCTAAATCTGGTATGAA‑‑TTTCAGCCTAAATTGTTAC‑AAAGCa > 1:30214S32/1‑200 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 48 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |