| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_010473 | = 1118039 | 3 (0.080) | 31 (0.810) | 29/396 | 0.6 | 91.2% | coding (853/1257 nt) | yccE | YccE family protein |
| ? | NC_010473 | 3211929 = | NA (NA) | pseudogene (1/603 nt) | nupG | nucleoside permease NupG | |||||
GGTTTTAAAACAACATGATTATTCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTAGTCTT‑ATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTA‑TCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAA‑TGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGA‑TACCGACACGTCGGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTTCAGATAGCATTTGCTCATT > NC_010473/1117840‑1118238 | ggTTTTAAAACAACATGATTATTCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGagta > 1:30585S25/1‑200 (MQ=255) tttAAAACAACATGATTATTCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAA‑TCATTTACAAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATCCGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTAc > 1:14551S6‑M1/1‑199 (MQ=255) ttAAAACAACATGATTATTCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGAT‑‑AAAGTC‑ATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatga < 1:1697S26‑M1/200‑8 (MQ=255) tggacaagcctccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaaactgactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatatattcacacatggttacgttttggggaaatttataggggatctctcaGG‑G‑CAGagtagt < 1:22794S9‑M1/12‑1 (MQ=255) aacaTGATTATTCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatgaatcc < 1:30001S40‑M1/200‑12 (MQ=255) aagcacttccaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagactcactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatctattcacacatggttacgttttggggaaattatgaggggatctctcaGG‑G‑CAGAGTAGTCTT‑ATGt < 1:22831S67‑M1/19‑1 (MQ=255) tGATTATTCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatgaatccccta < 1:853S35‑M1/200‑16 (MQ=255) tGATTATTCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCAAGGACTATTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatgaatcccct > 1:24396S19‑M1/1‑186 (MQ=255) tattCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATTTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatgaatcccctaatga > 1:11266S55‑M1/1‑181 (MQ=255) tCATGGGCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatgaatcccctaatgattt > 1:18695S22‑M1/1‑178 (MQ=255) aacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgctggattccggctacacaataacaagggaagactcactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatctattcacacatggttacgttttggggaaattatgaggggatctctcaGG‑G‑CAGAGTAGTCTT‑ATGTCATGGAGCtt > 1:15964S15‑M1/172‑200 (MQ=255) gggCGCTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatgaatcccctaatgatttttat < 1:6650S8‑M1/200‑27 (MQ=255) cacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacagtaacaagggaagactcactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatctattcacacatggttacgttttggggaaattatgaggggatctctcaGG‑G‑CAGAGTAGTCTT‑ATGTCATGGAGCTTTc > 1:20785S42‑M1/170‑200 (MQ=255) gcgcTGGTCAGTTATAAGATGCAAAAGGAAGTTTACAACGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGAT‑‑AAAAATGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgataaatcccctaatgatttttatcaaa > 1:16550S20‑M1/1‑170 (MQ=255) 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tcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaaggaaatactcactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatctattcacacatggttacgttttagggaaattatgaggggatctctcaGG‑G‑CAGAGTAGTCTT‑ATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCt > 1:31264S21‑M1/137‑200 (MQ=255) taggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagactcactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatctattcacacatggttacgttttggcggaaattatcgcaggggatgtttaaGGAG‑CAGATTAGTGTTTATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTT‑AAAAAACAATTCATTGATAGTTGCtt < 1:14551S13‑M1/66‑1 (MQ=255) cGAATTCATT‑‑‑AAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatgaatcccctaatgatttttatcaaaatcattaagttaaggtagatacacatcttgtcatat > 1:14222S2‑M1/1‑134 (MQ=255) catggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagactcactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatctattcacacatggttacgttttggggaaattatgaggggatctctcaGG‑G‑CAGAGTAGTCTT‑ATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACg < 1:30585S32‑M1/73‑1 (MQ=255) tttgcggcattctggctacacaataacaagggaagactcactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatctattcacacatggttacgttttggggaaattatgaggggatctctcaGG‑G‑CAGAGTAGTCTT‑ATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTa > 1:30001S33‑M1/119‑200 (MQ=255) tgcggcattctggctacacaataacaagggaagactcactcgtggctgcaaccctgcttactcaaaatctattcacacatggttacgttttggggaaattatgaggggatctctcaGG‑G‑CAGAGTAGTCTT‑ATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTA‑Tc > 1:1697S19‑M1/117‑200 (MQ=255) aTGGTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTActgatgaatcccctaatgatttttatcaaaatcattaagttaaggtagatacacatcttgtcatatgatcaaatggttt < 1:19211S6‑M1/200‑80 (MQ=255) ggTTGATAAAAAAACGATCGAGG‑CTCTTGTTGATACGGCA‑TTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGG‑G‑CAGAGTAccgacgaatcccctaatgatttttatcaaaatcattaagttaaggtagatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcg < 1:23138S63‑M1/200‑82 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 48 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |