Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_010473 | 276,960 | 0 | C | T | 68.8% | 87.7 / 73.3 | 80 | E130K (GAG→AAG) | paoA | aldehyde dehydrogenase iron‑sulfur subunit PaoA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/10); new base T (32/21); total (48/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTTGTTTCTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTC > NC_010473/276764‑277159 | gttgttTCTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGc < 1:22275S11/200‑1 (MQ=255) tgttTCTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGccc < 1:2147S24/200‑1 (MQ=255) tttCTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGccccc > 1:2014S3/1‑200 (MQ=255) tttCTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑CGTGGTGA‑‑T‑CTCGGccccc > 1:1140S82/1‑200 (MQ=255) cTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGa > 1:15567S13/1‑200 (MQ=255) tGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGAt > 1:28955S47/1‑200 (MQ=255) cGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCT‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATg < 1:28454S19/200‑1 (MQ=255) gcatcAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTCATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACt > 1:5520S28/5‑200 (MQ=255) gACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTT‑‑CACCGTTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTcagg > 1:23289S7/1‑200 (MQ=255) gtgacTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCAt < 1:27198S112/200‑1 (MQ=255) gtgacTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGCCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCAt < 1:17931S11/200‑1 (MQ=255) gtgacTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCAt > 1:32259S10/1‑200 (MQ=255) taacTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCAtt > 1:18877S16/3‑200 (MQ=255) gacTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTa < 1:18701S12/200‑1 (MQ=255) gacTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑‑‑‑TCACGCTTTTAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CT‑GGCCCCC‑GACGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCt < 1:25758S22/200‑1 (MQ=255) gacTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTG‑CG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CT‑GGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAg > 1:28086S3/1‑200 (MQ=255) gggAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGcc > 1:15265S33/1‑200 (MQ=255) aatgctgtcTGAATCTCTTTTAGCACCGCGAC‑CATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGGAACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑‑GA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGa < 1:8083S2/192‑1 (MQ=255) 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cTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGGAGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTg < 1:9137S37/200‑1 (MQ=255) cTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGGAACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTg < 1:25223S53/200‑1 (MQ=255) tGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGAc > 1:21770S35/1‑200 (MQ=255) aaTCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTCGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCa > 1:24214S76/1‑200 (MQ=255) 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atcatGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCCAGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGAtttt > 1:30564S4/1‑200 (MQ=255) ttGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCaa > 1:2427S42/1‑200 (MQ=255) tGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCaaa > 1:27256S19/1‑200 (MQ=255) aaGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAgtgt > 1:31329S7/1‑200 (MQ=255) aaGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGC‑TCCATCGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAAGGCAGATTTTCACGCAAAGTGTcc < 1:1680S30/200‑1 (MQ=255) ggCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCACAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCa > 1:10648S4/1‑200 (MQ=255) ccTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGAATAGTGACTT‑TAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGc > 1:13997S9/1‑200 (MQ=255) cTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑TTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCg < 1:11622S222/200‑1 (MQ=255) gCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTg < 1:28082S22/200‑1 (MQ=255) cATGGGGTGAAGATTATCCGGCGGAACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTg < 1:21752S28/200‑1 (MQ=255) aTGGGGTGAAAATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGt < 1:3223S87/200‑1 (MQ=255) aTGGGGTAAAGAT‑ATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCGACCTTTATTGGTACCAATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGtt > 1:17897S1/1‑200 (MQ=255) tGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAAAAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTT‑CTGGGT‑CTCATTAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGt < 1:16124S4/200‑1 (MQ=255) ggggTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTc > 1:24863S24/1‑200 (MQ=255) tGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGt > 1:29545S18/1‑200 (MQ=255) tGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGt > 1:21478S39/1‑200 (MQ=255) aGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATc < 1:6047S27/200‑1 (MQ=255) aTTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCa > 1:31567S13/1‑200 (MQ=255) ttATCTGGCG‑A‑CCCAGGCCTTCAATATCGGTGGTAA‑‑TACT‑GGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTCATTAGGGTATcc > 1:24128S19/1‑200 (MQ=255) tATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCAcc > 1:1516S3/1‑200 (MQ=255) aTCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCggtatttctacc < 1:3623S137/200‑11 (MQ=255) aTCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTcagatcgacctca < 1:28544S10/200‑13 (MQ=255) tCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTc > 1:19391S1/1‑200 (MQ=255) tCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTc < 1:31973S2/200‑1 (MQ=255) gCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAgc > 1:15056S4/1‑200 (MQ=255) cG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAgct > 1:13420S25/1‑200 (MQ=255) aGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTT‑CT‑GG‑AACGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGtttt < 1:6201S8/200‑1 (MQ=255) ttCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCGCTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGc > 1:22010S50/1‑200 (MQ=255) cAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTGCGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCg < 1:25067S24/200‑1 (MQ=255) a‑‑T‑CTTGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAg > 1:22960S37/1‑200 (MQ=255) tcGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCA‑TGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCGGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTc > 1:24320S34/1‑200 (MQ=255) | GTTGTTTCTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGG‑AGGTGCAG‑TAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCG‑AACCCAGGCCTTCAAT‑‑‑GGTGGTGA‑‑T‑CTCGGCCCCCTGATGCATGACTG‑CAA‑‑‑GCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCC‑GTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTC > NC_010473/276764‑277159 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 50 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |